В 1962 году, 24 июня в воздушном пространстве теперешней Республики Молдова состоялся самый первый полёт пассажирского самолёта. Он выполнялся румынской авиакомпанией SNNA. Другая румынская авиакомпания, под названием LARES, в 1930-е годы выполняла рейс Галац-Кишинёв.
В 1944 году, 1 сентября РНК СССР постановило «О создании в МССР гражданской авиации для нужд населения». Постановление вышло всего лишь спустя неделю после освобождения правого берега Молдавии от фашистских оккупантов. Такую торопливость объясняли тем, что наземные сообщения были не пригодны для использования. Результативное управление республикой можно было организовать только при помощи авиации.
Молдавский специальный авиаотряд (МОАО) был создан в соответствии с постановлением СНК, бывший в подчинении у Украинского УГА. Иван Алексеевич Ковалёв стал первым командиром авиаотряда. Ф.Астахов (начальник ГУ ГВФ) отдал распоряжение предоставить новому подразделению 2 самолёта Ли-2 и пятнадцать машин По-2.
Под командованием А.Поступаева, 19 сентября в Кишинёв прибыло первое звено По-2. Начиная с 1994 года данную дату считают зарождением гражданской авиации Молдовы.
Гражданский аэродром города Кишинёва, в 1944г. размещался на месте теперешнего сектора Рышкановка, там и по сей день находится улица под названием (молд. Strada Aerodromului) Аэродромная. Да наших дней не утрачено даже и здание аэропорта, которое находится недалеко от дворца Профсоюзов на улице Киевской, а взлётная полоса располагалась по части теперешней Киевской.
С сентября того же года с аэродрома начали осуществлять грузовые и пассажирские перелёты по Республике Молдова. Рейсы выполняли в следующие города: Оргеев, Бельцы, Тирасполь, Леово, Липканы, Сороки. Начиная с 1945 года самолёты Ли-2 начали совершать регулярные полёты, раз в два дня, в Москву, с промежуточной посадкой в Киеве. Также самолёты начали летать и в города Украины. Полёты совершались в такие города как: Кировоград, Винница, Черновцы и Николаев. Поток пассажиров в первый год работы Молдавской авиации составлял 750 человек.
Начиная с 1947 года организовывались систематические местные рейсы по Республике Молдова, а также и в город Одесса.
С 1952 года начали обновлять флот и на смену По-2 пришли первые самолёты Ан-2.
1951 год знаменателен открытием нескольких новых авиалиний, которые соединили Кишинёв с южными городами Советского Союза – Сочи, Симферополем, Краснодаром, Минеральными Водами. В 1954 году рейсы на Львов, Харьков, Ленинград были открыты.
В 1957 году в Кишинёв поставили вертолёты Ка-18 и Ка-15, Ми-1, вдобавок отправили и 5 самолётов Ил-14, что позволило увеличить объём перевозок в 1958 на 50 % (всего перевезено 17000 человек). Было открыто 6 новейших магистральных линий. Рейсы из Кишинёва в двадцать городов Советского Союза были организованы ближе к началу 1960-х годов.
Новое здание аэровокзала было построено в 1974 году. Специалисты организации «Ленаэропроект» создали проект. Начиная с момента сдачи аэропорта в эксплуатацию, значительно возросла и пропускная способность аэропорта. До 400 пассажиров в час, позднее она достигала и 700. Средина 70-х годов знаменовалась выполнением регулярных рейсов в 21 молдавский город и 40 других городов Союза. Объём пассажирских перевозок в 1976 году составил примерно 800000 пассажиров.
В 80-е годы в Кишинёвском аэропорту базировалось 98 вертолётов и 35 самолётов. На Москву в день совершалось 12 рейсов, 2 рейса в Сочи, Ленинград, Ростов и Минеральные воды. Была увеличена взлётно-посадочная полоса до 3590 метров, что позволило аэропорту Кишинёва принимать практически все типы самолётов. С 1987 года из аэропорта проводили рейсы в более 80-ти городов СССР. Только рейсы по Молдавии связывали воздушным сообщением более 20-ти населённых пунктов (Каменка, Бельцы, Кагул, Чадыр-Лунга и др.). В Кишинёвском аэропорту базировалось 9 самолётов Ту-154Б. В 1988 году с марта месяца открыли регулярные рейсы Кишинёв – Москва, выполняли перелеты самолёты модели Ту-154.
В 1990 году, 13 сентября самолёт Ту-134 совершил первый полёт международного значения по авиамаршруту Кишинёв-Франкфурт. Позднее открылись и другие международные перелеты.
